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基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：138

副标题#e# 直接看结果：（1）art仿真数据： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ cat G38L100c50Nhs20.aln ##ART_Illumina read_length 100@CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nhs20[详细]
基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装有问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：137

脚本： hadoop@Master:~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem$ cat compile.pl #! /usr/bin/perlsystem "mvn clean package";chdir "./src";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "./main/jni_fpga";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "../a[详细]
基因数据处理47之ART基因序列数据生成器（仿真）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：168

1.概念： ART基因序列数据生成器详细请见论文：【1】和官网【2】 2.下载： ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgz http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz 3.配置 sudo cp[详细]
基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：71

副标题#e# 1.先使用art生成数据：请看前一篇 2.上传fastq到hdfs： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master local[2] /home/hadoop/xubo/tools/cloud-scale-bwamem-0.[详细]
基因数据处理48之ART使用实例

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：80

副标题#e# 相关参数请见上一篇 1.使用实例1： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ====================ART==================== ART_Illumina[详细]
求0至大数之间的随机数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：179

题目：给定一个String类型的大数(非负整数)，不能直接转化为Integer，类似如下要求 The numbers can be arbitrarily large and are non-negative. Converting the input string to integer is?NOT?allowed. You should?NOT?use internal library such as?B[详细]
??攻略｜13招神技让你在数据科学和数据分析工作中脱颖而出

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：95

副标题#e# 简介：我有幸在很早参与了一个大数据科学项目，我非常喜欢其中的工作，甚至我意识到我的努力可以增加一些公司的价值。然而，可悲的是，只有不到30%的数据科学项目最终实施了。我备受打击的意识到我的努力被浪费了。但是，我不是唯一的一个。几乎[详细]
基因数据处理46之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装没问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：187

版本：https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem/releases/tag/v0.2.1 1.需要设置spark路径： !--systemPath/cluster/spark/spark-1.3.1-bin-hadoop2.4/lib/spark-assembly-1.3.1-hadoop2.4.0.jar/systemPath -- systemPath/home/hadoop/cloud/sp[详细]
基因数据处理51之cs-bwamem集群版运行*

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：166

将master的local改为集群就可以了。集群运行结果：问题：匹配50条的时候，bwa和snap都是生成50条。但是cs-bwamem会生成492条，其中25和50条重读的很多，匹配位置不同。不知道为啥？记录： D:1win7javajdkbinjava -Didea.launcher.port=7538 "-Did[详细]
《剑指offer》:[16]打印1到最大的N位数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：63

题目：输入数字N，按顺序打印从1到最大的n位十进制数。比如输入3，则打印出1、2、3一直到最大的三位数即：999. 乍一看这个题目很简单，我们很快就会写出下面的代码： void onetoN(int n){int number=1;for(int i=0;in;i++){number*=10;}for(int i=1;inumbe[详细]
基因数据处理52之cs-bwamem集群版运行（1千万条100bp的reads）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：146

副标题#e# 1.art生成模拟序列： art_illumina -ss HS20 -i GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 10000000 -o g38L100c10000000Nhs20 2.上传到hdfs，制定partition数 spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master spark://[详细]
NDK开发 - JNI数组数据处理

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：119

副标题#e# 很多时候利用 NDK 开发都是为了对数据进行加密操作，因为单纯的 Java 太容易被反编译了，加密算法也就很容易被破解，而利用 C/C++ 开发可以加大破解难度。文件的数据加密就需要通过 byte 数组传给 JNI。传送门：NDK开发 - JNI数组数据处理 JNI[详细]
利用BI搭建零售业数据信息平台

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：154

某百货公司是全市规模最大的以零售为主、多元化经营的股份制商业企业。拥有员工数千人，经营国内外品牌2300余种，年商品销售额逾10亿人元。销售体量如此庞大的企业近几年在IT建设上出现了问题，集团内部的信息化数据有些跟不上业务扩张的步伐。虽然该集团[详细]
BZOJ 1670 [Usaco2006 Oct]Building the Moat护城河的挖掘

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：88

Description 为了防止口渴的食蚁兽进入他的农场，Farmer John决定在他的农场周围挖一条护城河。农场里一共有N(8=N=5,000)股泉水，并且，护城河总是笔直地连接在河道上的相邻的两股泉水。护城河必须能保护所有的泉水，也就是说，能包围所有的泉水。泉水一定[详细]
基因数据处理70之Picard安装没成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：100

1.下载： https://github.com/broadinstitute/picard.git 2.安装： hadoop@Master:~/xubo/tools/picard$ ant clone-htsjdkBuildfile: /home/hadoop/xubo/tools/picard/build.xmlclone-htsjdk: [exec] Cloning into 'htsjdk'... [echo] Checking out HTSJDK[详细]
OBIEE RPD开发

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：160

A parent-child hierarchy is a hierarchy of members that all have the same type. This contrasts?with level-based hierarchies,where members of the same type occur only at a single level of the?hierarchy. The most common real-life occurrenc[详细]
基于K－Means的文本聚类

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：59

http://blog.csdn.net/freesum/article/details/7376006 何为聚类 ? ? ? ? “聚类是把相似的对象通过静态分类的方法分成不同的组别或者更多的子集（subset）,这样让在同一个子集中的成员对象都有相似的一些属性。”?? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?[详细]
R在文本挖掘与分析的妙用：分词、画词云

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：195

副标题#e# 报道大数据企业：大数据产品、大数据方案、 ? 大数据人物分享大数据干货：大数据书籍、大数据报告、大数据视频本文转自蔡捕头的新浪博客。欢迎更多优质原创文章投稿给大数据人：289585305@qq.com 摘要：要分析文本内容，最常见的分析方法是提[详细]
数据分析与挖掘学习（一）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：187

数据分析与挖掘过程一. 定义挖掘目标一般的数据挖掘任务包括： 1. 分类与预测 2. 聚类分析 3. 关联规则 4. 时序模式 5. 偏差检验 6. 智能推荐二. 数据取样抽取一个与挖掘目标相关的样本子集，标准是 1. 相关性 2. 可靠性 3. 有效性而不是选用全部数据[详细]
Acdream 1210 Chinese Girls#39; Amusement（大数模板运算 + 找

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：116

传送门 Chinese Girls’ Amusement Time Limit: 2000/1000MS (Java/Others) Memory Limit: 128000/64000KB (Java/Others) Submit Statistic Next Problem Problem Description You must have heard that the Chinese culture is quite different from that[详细]
常用的数据标准化方法

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：199

数据的标准化（normalization）是将数据按照一定规则缩放，使之落入一个小的特定区间。这样去除数据的单位限制，将其转化为无量纲的纯数值，便于不同单位或量级的指标能够进行比较和加权。其中最典型的就是0-1标准化和Z标准化，当然，也有一些其他的标准化[详细]
BI Intelligence 报告：2016 年 5 大数字化趋势（附下载）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：50

副标题#e# C新智元编译?? ? 来源：Business Insider 译者：闻菲【新智元导读】Business Insider 网站日前公开了旗下调研团队 BI Intelligence 去年 2 月发布的调查报告，成功预测了消息APP成为新的OS和Bot的崛起。报告还预计物联网是下一场工业革命，将颠[详细]
HDU 1212 Big Number（大数取模）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：83

Big Number Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)????Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 7063????Accepted Submission(s): 4866 Problem Description As we know,Big Number is always troublesome. But it's really imp[详细]
R语言：SMOTE - Supersampling Rare Events in R:用R对非平衡数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：60

副标题#e# SMOTE - Supersampling Rare Events in R:用R对稀有事件进行超级采样在这个例子中将用到以下三个包 {DMwR} - Functions and data for the book “Data Mining with R” and SMOTE algorithm:SMOTE算法 {caret} - modeling wrapper,functions,com[详细]
寻找第K大数的方法

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：140

寻找一堆数中第K大的数，第一感觉是排序，然后将排序之后的值取第K个。但是实际上，这种方式最少的时间复杂度是O(nlogn)。有更简单的方式可以实现线性的时间复杂度。算法总是有穷尽的，而思想无穷尽，而实用算法的本质是用空间去换取时间。这里的方案是[详细]

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